El Juicio
La primera causa por los crímenes de la Operación Cóndor comenzó a tramitar en 1999. Llegó a juicio oral catorce años después, acumulada junto a otras dos y con la segunda parte del expediente por los crímenes cometidos con el accionar conjunto de fuerzas argentinas y uruguayas en el centro clandestino de detención "Automotores Orletti".
El juicio oral comenzó el 5 de marzo de 2013 y terminó tres años después, el 27 de mayo de 2016. En su inicio tuvo un objeto procesal que abarcó los casos de 174 víctimas: 65 de la causa Automotores Orletti, 107 de Operación Cóndor y dos que corresponden a ambas causas. Las víctimas son oriundas de Argentina, Bolivia, Chile, Paraguay, Perú y Uruguay.
Un total de 27 imputados comenzaron a ser juzgados en el debate oral. Sin embargo, 17 llegaron al final. Cuatro fueron apartados por razones de salud y seis de ellos fallecieron durante el juicio, entre ellos Jorge Rafael Videla, Jorge Olivera Róvere y Bernardo José Menéndez.
El Tribunal Oral en lo Criminal Federal N°1 de la Capital Federal condenó a 15 de los 17 acusados, imponiéndoles penas de entre 8 y 25 años de prisión. La mayoría fueron encontrados como autores del delito de "asociación ilícita en el marco del Plan Cóndor" y de otros crímenes cometidos en ese contexto, como privaciones ilegítimas de la libertad agravadas, amenazas y tormentos.
Las condenas
Reynaldo Benito Bignone: 20 años de prisión.
Santiago Omar Riveros: 25 años de prisión.
Manuel Juan Cordero Piacentini (ex militar uruguayo): 25 años de prisión.
Miguel Ángel Furci: 25 años de prisión.
Rodolfo Emilio Feroglio: 20 años de prisión.
Humberto José Román Lobaiza: 18 años de prisión.
Enrique Braulio Olea: 13 años de prisión.
Eugenio Guañabens Perelló: 13 años de prisión.
Antonio Vañek: 13 años de prisión.
Eduardo Samuel De Lío: 12 años de prisión.
Carlos Humberto Caggiano Tedesco: 12 años de prisión.
Felipe Jorge Alespeiti: 12 años de prisión.
Néstor Horacio Falcón: 12 años de prisión.
Luis Sadi Pepa: 12 años de prisión.
Federico Antonio Minicucci: 8 años de prisión.
Absoluciones
Carlos Horacio Tragant y Juan Avelino Rodríguez.