Los acuerdos Interinstitucionales entre Ministerios Públicos permiten el intercambio fluido de información y el fortalecimiento de la cooperación internacional.

Desde el Ministerio Público se celebraron diversos convenios bilaterales de cooperación interinstitucional, como también el Acuerdo de Cooperación Interinstitucional entre los Ministerios Públicos y Fiscales miembros de la AIAMP y el Convenio de Cooperación Interinstitucional entre los Ministerios Públicos, Fiscalías y Procuradurías Generales Miembros de la REMPM siendo éstos una herramienta para solicitar información simple directamente al Ministerio Público del otro país, pudiendo así obtener una respuesta rápida, que ahorre tiempo y otorgue celeridad a los trámites judiciales.

Las funciones de la DIGCRI en materia de Cooperación Interinstitucional son:

• Informar, por intermedio de la Secretaría de Coordinación Institucional, al Procurador General de la Nación, acerca del surgimiento de nuevas redes de cooperación interinstitucional o directas y, en función de su relevancia, temática particular, actividades a desarrollar, miembros y otros criterios de interés, podrá sugerir la conveniencia de la participación de este Ministerio Público. 
• Colaborar con la Secretaría de Coordinación Institucional en la propuesta de fiscales o funcionarios para ser designados como puntos de contacto en las redes de cooperación interinstitucional en representación de este Ministerio Público.
• Llevar un registro completo y actualizado de todas las redes de cooperación interinstitucional de las que participe este Ministerio Público y sobre las/los fiscales o funcionarios que lo representen en cada una, con sus datos de contacto completos.
• Será responsable de la coordinación operativa entre los puntos de contacto de las diversas redes de cooperación directa y la colaboración con el resto de las fiscalías y procuradurías para el acceso a la colaboración ofrecida a través de esos canales. Asimismo, colaborará con la Secretaría de Coordinación Institucional en la supervisión general del funcionamiento de las redes y el trabajo en ellas de las/los representantes de este Ministerio Público.
• A fin de llevar un adecuado registro y seguimiento de la cooperación directa, mediante los mecanismos que en cada caso se acuerden, las/los fiscales y funcionarios de este Ministerio Público designados como puntos de contacto, mantendrán informada a la DIGCRI acerca de los requerimientos que reciban y efectúen a través de las redes de cooperación interinstitucional en que participen. El mecanismo de comunicación a la DIGCRI en ningún caso podrá afectar la celeridad, eficiencia y confidencialidad de la cooperación directa.
• Confeccionar un informe anual sobre la cooperación interinstitucional directa, en el que conste la información que recabe de parte de los integrantes del Ministerio Público Fiscal en cada una de las Redes en que este participe, para ser presentado al Procurador General de la Nación.
• Elaborar guías sobre diferentes aspectos de la cooperación interinstitucional directa y todas aquellas herramientas que faciliten la actividad de las/los fiscales en este campo. 
• Bajo la coordinación de la Dirección General de Capacitación y Escuela del Ministerio Público Fiscal de la Nación, ofrecerá cursos de capacitación y actualización sobre la materia.