Al iniciar su actividad la UFEP, la completa ausencia de algún criterio de intervención en la promoción del adecuado cumplimiento de las penas privativas de la libertad determinó la necesidad de diseñar por completo los lineamientos generales a partir de los cuales interviene la UFEP.
De tal manera, progresivamente se han consagrado criterios que interpretan las pautas de política criminal establecidas legalmente. Tanto en lo concerniente a las penas que suponen la privación de la libertad como en aquellos casos en los que se ejecutan formas alternativas a la pena o el proceso se suspende con la condición de que el imputado cumpla determinadas reglas de conducta, las sub-áreas de planeamiento estratégico existentes en cada una de las áreas técnicas de la UFEP sistematiza la información disponible en los legajos en los que se toma intervención, analiza la información pública producida por organismos públicos y no gubernamentales vinculados con las temáticas (Poder Judicial de la Nación, Ministerios de Justicia, Procuración Penitenciaria, Servicios Penitenciarios, Patronatos de Liberados, etc) y examinan la correspondencia entre los objetivos y los resultados con la finalidad de tornar más eficiente su gestión.